В сознании киргизского народа Манас является воплощением народного единства, как прочного основания свободы и независимости народа; поэтому родовые распри, борьба непокорных родичей против Манаса, рассматриваются в эпосе как проявление корыстных эгоистических интересов, коварства и злобы. Победив калмыков и китайцев и восстановив былую независимость киргизов, юный Манас собирает и объединяет под своей властью рассеянных врагами родичей, сыновей хана Ногоя. Возвращаются из изгнания братья Джакыпа Бай, Орозду, Кёзкоман, со своими сыновьями. Но только Бакай, сын Бая, становится верным соратником и мудрым советником Манаса. Остальные двоюродные братья 10 буйных сыновей Орозду и 5 сыновей Кёзкомана завидуют его могуществу и злоумышляют против него. Манас проявляет по отношению к своим непокорным родичам заботу и уступчивость, иногда вопреки проницательным предостережениям Каныкей, и каждый раз становится жертвой их коварных козней. В версии Орозбакова мотив этот повторяется несколько раз: кроме сыновей Орозду и Кезкоманов против Манаса, во время Великого похода на Бейджин, восстают также его младшие братья от другой матери, калмычки, Абеке и Кебёш. Впоследствие, после смерти Манаса, они с помощью Джакыпа захватят власть в Таласе и будут пытаться овладеть Каныкей и убить Семетея, законного наследника Манаса.
В "заговоре ханов", предшествующем "Великому походу", против Манаса выступают уже не родичи, а самостоятельные феодальные князья или, точнее, вожди племен, объединившихся под его властью. В версии Орозбакова в заговоре участвуют 6 ханов (у Каралаева 12): Тёштюк, сын Элемана, казах Кёкче, кара-ногаец Джамгырчи, андижанский хан Сынчи-бек, Музбурчак (по Радлову афганский хан, у Каралаева туркмен) и кипчак Урбю, оскорбленный Манасом на поминках Кокетея; седьмой, катаганец Кошой, отказывается принять участие в вооруженной борьбе. Зачинщиками и главарями являются Тёштюк и Кёкче. Все они - главари самостоятельных племен, побежденные Манасом или добровольно отдавшиеся под его власть. Они считают себя равными Манасу и настаивают на своих наследственных правах. "Мы ровня с Манасом. Отцы наши были равными (тенгата). Не подобает нам терпеть от него грубые окрики и сносить удары его камчи". "Нужно перебить его кырк-чоро (сорок дружинников), а самому ему показать, что значит оскорблять таких ханов, как мы".
В версии Орозбакова Манас устрашает своим могуществом и личным авторитетом сперва послов строптивых ханов, а потом и их самих. У Каралаева дело доходит до кровопролитного сражения между войсками ханов и дружиной Манаса, которое останавливает своим вмешательством мудрый Бакай. В обоих случаях ханы вынуждены изъявить покорность, и Манас объединяет их для великого общего дела - похода на Бейджин. Сказители и в этой борьбе целиком на стороне Манаса, как объединителя киргизского народа в его борьбе за независимость, за сплочение первоначально независимых племен в один народ, против межплеменных распрей и феодальных междоусобиц. Однако, в условиях воинского быта эпохи варварства, как в варварских империях Запада в эпоху "великого переселения народов", черты морального авторитета патриархальной власти выборного хана "военной демократии", грозного военного вождя и прославленного богатыря, сочетаются в правдивом изображении сказителей "Манаса" с самовластием и насилием, военной диктатурой и личной тиранией монарха и его приближенных, которые вызывают ропот и негодование племенной аристократии, в особенности - первоначально независимых вождей племен. Типичный тому пример - столкновение между Манасом и оскорбленным им Урбю на "Поминках по Кокетею".
Другим источником распрей является соперничество между вождями. Отсюда один из самых ярких эпизодов "Великого похода" столкновение между Алмамбетом и Чубаком, вызванное спором между их дружинниками во время игры в "ордо", спором, задевшим честь и достоинство их предводителей.