В составе эпоса о Семетее можно выделить следующие основные сюжетные звенья: 1. Изгнанье семьи Манаса, рождение и детство Семетея и его возвращение в Талас; 2. Распри с родичами, вассальными ханами и дружинниками Манаса; 3. Женитьба Семетея на Айчурек; 4. Поход против Конурбая и месть за Манаса; 5. Гибель Семетея. К этому, как эпилог, добавляется история Сейтека (месть за Семетея). Изгнание и возвращение Семетея и месть Конурбаю за Манаса образуют непосредственное сюжетное продолжение старшей поэмы; женитьба героя, родовые распри и связанная с ними гибель Семетея вводят новые темы.
Сказание об "изгнании и возвращении" имеет типические черты, подсказанные реальными общественно-бытовыми отношениями, но издавна закрепленные в серии традиционных мотивов, которые, с некоторыми вариациями, обусловленными особенностями сюжета, повторяются как в "Семетее", так и в "Сейтеке".
После гибели героя (Манаса, а потом Семетея) захватчики делают попытку овладеть его женой и умертвить законного наследника. Каныкей со своим младенцем и матерью Манаса, старой Чийирды, спасается в Бухару к своему отцу хану Темиру: Айчурек, жена Семетея, спасает своего сына вынужденным согласием стать женой победителя Кыяса. Враги и изменники временно торжествуют, друзья и близкие погибшего героя живут на положении рабов, терпят муки и поношение, но в тайне сохраняют верность ему и его наследнику. Народ страдает под жестокой властью захватчиков.

Богатырский младенец тем временем растет не по дням, а по часам. В возрасте 12 лет он совершает свой первый подвиг и узнает тайну своего происхождения. С помощью друзей своего отца он возвращает себе его коня и оружие, возвращается на родину, низвергает захватчиков, награждает верных, предает изменников заслуженной каре. Под его справедливым правлением возвращаются "счастливые времена" его предшественника.
Распри с родичами, вассальными ханами и непокорными друженниками занимают в "Семетее" гораздо больше места, чем в "Манасе". Большая часть поэмы посвящена изображению этой борьбы. После смерти Манаса власть в Таласе захватили его младшие братья Абаке и Кёкёш, сыновья отца Манаса Джакыпа от калмычки Бақдёлёт. Их поддерживает изменившая Семетею дружина Манаса, его "кырк чоро", а также обиженные Манасом вассалы, бывшие участники заговора семи ханов (как Урбю), или их сыновья (как сын Музбурчака). Все они погибают в борьбе с Семетеем, против воли настроенного миролюбиво героя.
Отказываются признать власть Семетея и его троюродный брат Чинкоджо и союзник этого последнего хан Толтой, глава рода Джедигер. Их отцы, Шапак и Багиш, были убиты в междоусобных распрях с Манасом (Багиш, согласно варианту Каралаева во время "заговора ханов"), и сыновья продолжают злое дело своих отцов. С Толтоем Семетей в варианте Каралаева ведет борьбу за свою невесту Айчурек, причем погибают и Толтой и Чинкоджо. Без достаточного повода против Семетея выступает Уметей, сын хана Кёкче, двоюродный брат Семетея по матери. Убийство Уметея ведет к новым кровавым семейным распрям: его мать Ак-Эркеч, сестра Каныкей, подымает против Семетея хана Кыяса, брата убитого Толтоя. С помощью изменника Кончоро Кыясу удается убить Семетея.
Для сказителя воцарение Семетея, как законного наследника Манаса, означает воссоединение киргизских племен, распавшихся и обнищавших при дурных ханах-узурпаторах, богатство и благоденствие для народа, возвращение "счастливой поры" Манаса. Характерные слова вложены народным певцом в уста врага и убийцы Семетея, Кыяса: "Говорят, что пока не было Манаса, киргизы были униженными и скитались везде и повсюду. Манас собрал киргизов из разных мест и сделал их единым народом. Сын Манаса, Семетей это железная крепость киргизов". Семетей ставит перед собой цель снова объединить свой народ и направить его силы против вековых врагов и поработителей китайцев. Это продолжение дела Манаса, облеченное в характерную форму родовой мести Конурбаю за убитого отца: "Идти в Китай, чтобы отомстить за льва Манаса". Поэтому Семетей стоит за дружбу между родичами и соплеменниками и в междоусобных распрях обычно проявляет величайшую мягкость и снисходительность к ним. Но это миролюбие редко достигает цели. В целом у слушателя остается впечатление слабости власти Семетея по сравнению с властью Манаса. Времена Семетея "это времена племенных раздоров, родовых и семейных распрей. "Те, кто трепетали перед Манасом, отказываются признать власть его сына - "сироты", бездомного и одинокого "бродяги", как называют Семетея его многочисленные враги.